藥師灌頂章句拔苦過罪生死得度綱目
伏望海眾殷勤，齊舉壓座令。
我佛大慈悲 琉璃光王佛 皈命敬禮琉璃光王佛 藥師琉璃光王佛 滿月世界
人天同聽梵音聲 （和）梵音聲[2]菩薩
伏聞龍宮奧典，海藏靈文，摩騰遠邁於西天[3]，竺法流傳於東土。出三壇之烈燄，破萬種之迷津。慈風開優鉢之花，法雨灑貝多之葉。所謂道：一句云何於此經，究竟眾生到彼岸。面位[4]仁師，云何請舉。
云何於此經 （四句）
上來梵音雅唱，出生正因。不廻二乘，不向三有。廻因向果，廻事向理，廻向無上佛果菩提。伏願群生，悉望眾聖垂慈。內興則妙用長新，外護則靈明鞏固。天地正觀，日月照輝。民歌太古之風，化起不善之道。三寶常住，萬聖流通。常居覺照之鄉，盡攀樊[5]籠之境。四恩普報，三有均資。法界含情，同圓種智。
（普念）摩訶般若波羅密
《佛說藥師灌頂經》 （和）藥師琉璃光王佛
壇前教誡儀當演
弟子眾等，稽首和南，謹白清淨大眾：今此修設藥師延壽道場，《灌頂經》標，先伸教誡奉行科事，然後行持科事。掌壇法師，一一布露。 （入儀 浩浩難思 （至）解脫）
甘露王菩薩
（加持安息香真言 （至）《大明神咒經》）
（加持咒油燈真言至咒水真言 諸部因緣）
（加持直[6]字梵語心經陀羅尼）
願憑咒力普津濟 （二聲）
咒水讚
一鉢寒泉，蠲除熱惱，功勳莫可稱量。注[7]想曹[8]溪水，別來[9]幾度春光。凝然湛寂，灌清淨[10]醍醐甘露瓊漿[11]。霏法雨，楊枝灑處，遍滿於壇場。願霑需，含識普蒙饒益，俱脫苦鄉。餓殍焦面，悟自性真常。我今祛穢誦咒，仗密語伽陀讚揚。周沙界，無人無我，盡淨獲清涼。
南無甘露王菩薩摩訶薩
廻向無上佛菩提
惟願三途苦輪息 （四句）
無邊煩惱斷 （四句）
藥師海會佛菩薩 （云云）
佛是三界大師，法是群生眼目，僧是六和具足，並乃真淨福田。背之則凡，順之則聖。我今皈命，建立道場。願聖慈悲，密垂加護。
靈山教主 （入儀）
大眾志誠心，同嘆佛寶偈。
龍宮海藏 （入儀）
大眾志誠心，同嘆法寶偈。
天台方廣 （入儀）
大眾志誠心，同嘆僧寶偈。
（加持讚嘆三寶滅罪真言）
開壇門[12]部陀羅尼 （二聲）
清淨三業
切以道場冰潔，眾聖葵忱。金爐焚戒香、定香、慧香、解脫之真香，密語灑佛水、法水、僧水、摩訶之演水。花簇三春之錦，燈燃[13]一漢之星。玉磬鳴時，振洪音而戛戛；金鼓響處，等梵語之鏘鏘。慈悲開優鉢之花，德雨潤苾蒭之草。六塵內淨而性識圓明，五濁外蠲而法身清淨。願鑒一誠之懇禱，當持三業之真言。先當焚香、灑淨、淨壇、結界、敬花，以為佛事。三業論文，謹當布露。 （入儀）
身三口四意貪瞋 （四句）
除蓋障菩薩
（加持淨三業真言）
三業六根悉清淨[14]
薰香供養
答報佛恩甚奇哉，本來心地豁然開。栴檀牛首無價寶，儘是能仁會裡來。梵香論文，法師指開。 （入儀）
爐焚五分寶香清 （四句）
（加持焚香真言）
香雲童子大菩薩
灑淨潔滌
真淵巨海泊天高，香水浮沈湛一寬。願證月光三昧印，大千沙界洗塵勞。廣長舌相，請演波濤。 （入儀）
彌摩羅界秫提吽 （四句）
清淨慧[17]菩薩
（加持灑淨真言）
壇場內外悉清淨[18]
清淨香壇
一心清淨萬緣塵，柳陌花街功德林。能攪長河為酥酡，解教大地作黃金。玉壇蠲潔師爽襟。 （入儀）
聚沙成塔亙青天 （四句）
（加持淨壇真言）
雪山童子大菩薩
密語結界
大千攝化一毫端，拂手頭邊毛腦寒。高舉金剛王正令，銀山鐵壁祖師關。結曼羅界，凡聖交參。 （入儀）
荊棘林中業火生 （四句）
南無金剛界菩薩
（加持結界真言）
尊勝幢菩薩
散花行道
拈花示眾古機緣，特把宗門正眼傳。迦葉頭陀知此意，微微笑倒三千年。散曼殊勝，花雨新鮮。 （入儀）
此花初舉在靈山 （四句）
南無花供養菩薩
（加持散花真言）
寶曇花菩薩
大眾志誠心[21]，同嘆 （云云）
散花之設，古有常規。咒師先行點淨，檀越後隨捧爐。知會舉起散花，大眾遶壇行道。
（加持行道真言）
大眾志誠心，同嘆讚佛偈。 （入儀）
夫開啟藥師道場者，廓琉璃之境界，映滿月之宮城。內則儼爾粹容，外則集乎梵侶。讚詠紫金蓮相，瞻仰白玉毫光。焚百和之氤氳，作△[22]畫之道場。今則燃燈方啟，法事初行，想我佛不隔於他邦，諒慈尊不離於當處。敢憑清眾，各運虔心，請動潮音，舉揚妙偈。 （依儀）
願此香花雲 （云云）
仰告諸佛 （云云）
如來妙色身 （云云）
如來色無盡 （云云）
如來智慧燈 （云云）
信禮佛、法、僧三寶
嘆德宣疏
（化壇依儀 化納 廻向 回壇）
（加持諸佛請座真言 （至）一切如來歡喜真言）
伏請道場者 （入儀）
（加持召請一切如來雲集真言）
我施主同藥師之上願 （依儀至）歌讚
教誡終
一時登壇開啟
藥師會啟，集福筵開。領眾登壇，開闡[23]一時科事。
大眾志誠心，同嘆延壽偈：
長以心田種善根 （在儀）
藥師海會佛菩薩
嘆德宣疏 （化納回壇）
（加持警覺出定真言 （至）五供養）
惟願慈悲常攝受
壇前開科儀當演
南無灌頂界菩薩
切以金口所宣，群生仰化，無非法藥，盡是醍醐。爰將白馬駝經，鴻爐試過，實昭靈驗，廣布華夷，大開方便之門，普濟幽明之類。即我藥師教主，滿月慈容，因中願力弘深，果內莊嚴殊勝。千蓮座下，百寶珠間[24]，花雨濛濛，香風颯颯，雷音嚮振，天樂自鳴。眾聖駢羅，龍天翕集。咸霑滿月，盡聽法音。聖雖顯示於東方，聖力常化於此土。其有群生，請按彼科儀，高燭銀燈，廣邀聖德，虔心請禱，我佛遙臨。心中有願皆從，非橫災殃自息。今晨燈主△，夙陳志懇，預竭誠心，祈求福海壽山，永殄千災萬慮。大闡廳堂，精嚴佛事。檀煙靄馥，鈸韻鏗鏘。今則時當定日，凡聖駢交，案上經文，是何面目？竚聽經文，請為宣揚。 （入儀）
佛說藥師灌頂章句拔除過罪生死得度妙經
吟偈
能向[26]法門 （八句）
聞如是[27]。一時佛遊維耶離音[28]樂樹下，與八千[29]比丘……如是無量最上音聲，施與一切無量眾生，是為十二微妙上願[30]。
二時入壇開科
大眾志誠心，同嘆延壽偈：
藥師海會佛菩薩 （嘆德宣疏）
多他阿伽度 （入儀 宣疏 化壇 贊偈）
稱念大圓鏡智 （云云）
（化貢回壇）
（加持奉事諸佛真言 （至）普供養真言）
惟願慈悲常攝受
南無消災延壽藥 （云云） 《佛說藥師灌頂經》
壇前開科儀當演
佛告文殊師利：此藥師琉璃光王佛本願功德如是……是故吾今勸諸四輩，造續命神幡，燃四十九燈，放諸生命，以此幡燈、放生功德，拔彼精神，令得度脫，今世後世，不遭厄難[31]。 （止）
二[32]時科終
三時開科解經
大眾志誠心，同嘆延壽偈：
藥師海會佛菩薩 （嘆德宣疏）
（化壇 納財 回壇 加持啟白真言 （至）普供養）
唯願慈悲 （云云）
《佛說藥師灌頂經》 消災延壽藥師佛
壇前開科儀當演 大乘 （云云）
切以一月麗天，影含容於眾水；三身應世，聲普遍於十方。或稱號於藥師，療眾生之病若；或彰名於阿閦，解塵世之冤愆。拯昏迷於菡萏國中，蠲熱惱於琉琉界內。真可謂慈風廣被，慧日遐舒。八大菩薩賜恩光，二六神王垂護佑。今則謹邀法侶，重爇檀煙，燃滿樹之銀缸，演六時之梵唄。重吟寶偈，再舉鴻名。真空垂天眼以遙觀，玄造擁祥光而照鑒。向下經文，再為舉揚。
金毗羅神王 和耆羅神王
彌佉羅神王 安陀羅神王
摩尼羅神王 宋林羅神王
因持羅神王 波耶羅神王
摩休羅神王 真陀羅神王
照頭羅神王 毗伽羅神王
救脫菩薩語阿難言：此等鬼神……此經凡有三名，一名藥師琉璃光佛本願功德；二名灌頂章名十二神王解結神咒；三名救除過罪生死得度。佛說經竟，大眾人世，作禮奉行[33]。止[34]
灌頂章句終